最近看到很多繪制序列比對圖的文章,發現全是一堆代碼,讓不會代碼的同學們無從下手。所以如何一鍵獲得好看的序列比對圖?趕緊來試試WeMol中的序列編輯器WeSeq,超級簡單,今天就來淺學一下。
首先登錄WeMol計算平臺,進入WeSeq界面。
我們熟悉一下序列比對相關的這幾個圖標和功能。
進入WeSeq界面,可直接上傳或粘貼需要比對的氨基酸/堿基序列。點擊Align菜單,可以使用MAFFT等方法進行序列比對,結果如圖所示??梢酝ㄟ^File 菜單的 Export Image 功能導出序列比對圖片。
在WeSeq上可以使保守殘基顯示為*號,具體可以點*擊圖標,獲得如圖的序列比對結果:
在生物信息分析中,序列標識圖Sequence Logo常用來分析序列中的保守位點及氨基酸頻率。WeSeq中只需點擊Logo按鈕即可一鍵生成高質量的序列標識圖,并且還有表格窗口,可以看到每個位點的氨基酸頻率。圖片和表格均支持一鍵下載。
系統發育進化樹(Phylogenetic tree)也叫系統進化樹,它利用樹狀分支圖形來表示各基因或物種之間的親緣關系,是系統生物學研究中的重要手段。在WeSeq中可以直接點擊Tree進行進化分析,生成系統進化樹。圖片支持一鍵下載。
序列同源性(identity)可以用來來衡量序列之間的相似性。在WeSeq中應用Identity可以獲得不同序列之間的序列同源性分析結果。圖片支持一鍵下載。
Annotation功能可以給任意一段序列或位點添加注釋,支持色塊、下劃線等多種注釋顯示方式。
在WeSeq中,還有很多其他的功能,包括序列編輯、Blast、PTM預測、免疫原性預測、人源化等。具體可以看往期文章,或者進入WeMol Cloud網站查看相關文檔(WeMol Docs)。
WeMol(wemol.wecomput.com)是Wecomput開發的面向生物制藥、材料、化學等領域的新一代分子數字化智能計算平臺,集成了計算生物學、人工智能、量子化學等領域的上百種Wecomput自研及開源的計算與可視化模塊,核心算法的速度、準確度超過或媲美國外主流商業軟件,尤其特色的抗體人源化設計、蛋白質免疫原性預測、虛擬親和力成熟、高通量虛擬篩選、RNA序列設計等算法已在多家知名藥企的數十個藥物發現項目中得到驗證和廣泛應用。WeMol基于先進的流式架構,可將復雜計算流程簡單化、自動化,并支持低代碼定制開發和靈活擴展,是業界首款同時面向計算科學家及非計算專業的濕實驗人員,旨在構建一個簡單、易用、智能、可擴展、可追溯、可重現的一站式計算平臺,全方位覆蓋大分子生物藥設計、小分子化合物設計、分子模擬、數據分析等應用場景,可對Hit->Lead->PCC各階段進行全鏈條賦能。發布至今,WeMol已獲得了國內外數百家藥企及學術單位的青睞與好評。
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